Covid-19 : dépistage, séquençage, contact tracing… Peut-on rater l’apparition de nouveaux variants ?

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Au Royaume-Uni, les autorités ont décidé de mettre fin aux autotests gratuits et de suspendre, entre autres, les programmes de contact tracing. La communauté scientifique s’inquiète de ces mesures et craint que peu à peu on devienne « aveugle » à l’apparition de nouvelles variantes potentiellement dangereuses.

Plus ou moins dangereux, plus ou moins contagieux… Sur l’évolution des variantes de SRAS-CoV-2 dépend de la fin de la pandémie de Covid-19. Lors d’une conférence de presse tenue le 30 marsle directeur général de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), Tedros Adhanom Ghebreyesus, mettre sur la table trois scénarios possibles sur l’évolution de l’épidémie en 2022. Le « scénario du pire » ? L’apparition d’un variant “plus virulent et hautement transmissible”, qui mettrait à mal l’immunité post-virus ou post-vaccination. Les dispositifs de surveillance virale n’ont jamais été aussi importants, notamment lorsqu’il s’agit de détecter et d’identifier de nouvelles souches de Covid-19.

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Dans ce contexte, les autorités britanniques ont pris une décision pour le moins radicale : vendredi dernier, le Royaume-Uni a décidé de réduire le profil aérodynamique en matière de surveillance virale. Par exemple, le gouvernement britannique a suspendu les applications de recherche des cas contacts, les programmes d’échantillonnage des eaux usées et a mis fin aux kits d’autotest gratuits. Ces mesures inquiètent la communauté scientifique, comme Jeffrey Barrett, ancien directeur du Covid-19 Genomics Initiative au Wellcome Sanger Institute qui, dans les colonnes du New York Timesil a affirmé comprendre “que les gouvernements sont dans une position délicate […] mais vous ne voulez pas vous retrouver aveugle” (avant d’éventuelles nouvelles variantes, Note de l’éditeur).

Une baisse significative des tests effectués

En pratique, la qualité du suivi des nouvelles variantes dépend intrinsèquement de la quantité de tests effectués. Elle passe également par le séquençage, c’est-à-dire l’analyse détaillée du génome appartenant à la souche étudiée. Cette phase d’étude permet non seulement de détecter de nouveaux variants, mais aussi de savoir si ces derniers sont plus transmissibles, plus virulents ou plus résistants aux vaccins actuellement utilisés pour combattre le virus. “Le séquençage génétique systématique est indispensable si l’on veut suivre l’apparition et l’impact des variants”, estime l’Organisation mondiale de la santé, dans un document publié le 9 août. Plus récemment, le 30 mars, l’OMS a appelé les pays du monde entier à ne pas “baisser leur garde” contre le virus : “Jusqu’à ce que la planète atteigne la fin de la ‘phase aiguë de la pandémie’, les pays doivent maintenir une surveillance épidémiologique suffisante.”

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Cette mise en garde est justifiée par l’OMS après avoir constaté une forte baisse de la demande de RT-PCR et d’échantillons antigéniques ces dernières semaines. L’ONU a également exprimé son inquiétude face à cette réduction importante : “Avec un tel développement, les données deviennent progressivement moins représentatives, moins actuelles et moins robustes”, explique l’ONU.

En France, c’est l’appareil émerger, lancée en janvier 2021 par Santé Publique France et par l’Agence nationale de recherche sur le sida et les hépatites virales (ANRS), qui est en charge de cette mission de “séquençage”. Depuis sa création, 500 000 tests ont été séquencés. En moyenne, environ 4 millions de prélèvements sont effectués chaque semaine en France : seuls 12 000 d’entre eux sont analysés.

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