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Hôtes immunodéprimés avec co-infections Delta/Omicron

Une étude récente publiée sur le site de la medRxiv* Le serveur de prépublication a examiné des cas cliniques de co-infections par le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2) variantes Delta/Omicron et sous-lignes Omicron BA.1/BA.2 chez des patients immunodéprimés (IC).

Plusieurs études ont rapporté une prolongation de la survie du virus chez les patients immunodéprimés, créant un environnement propice à des mutations virales supplémentaires. Par conséquent, il est nécessaire d’évaluer l’impact d’un déficit immunitaire sous-jacent ou d’un traitement immunosuppresseur sur la co-infection de variants viraux conduisant à la formation de variants recombinants.

Étude : coinfections Delta/Omicron et BA.1/BA.2 survenant chez des hôtes immunodéprimés.  Crédit d'image : ktsdesign/ShutterstockÉtude : coinfections Delta/Omicron et BA.1/BA.2 survenant chez des hôtes immunodéprimés. Crédit d’image : ktsdesign/Shutterstock

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Description du cas de co-infection Delta/Omicron

Les enquêteurs de la présente étude ont évalué deux cas cliniques de co-infection avec les variants Delta/Omicron du SARS-CoV-2 (B.1.617.2/B.1.1.529) et deux cas de co-infection avec le sous- Lignes Omicron BA.1./BA.2 chez les patients atteints de CI.

Le premier cas clinique était un homme de 70 ans ayant des antécédents de transplantation pulmonaire. Il a signalé de la fièvre et des symptômes respiratoires liés à la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) avant d’être testé positif par réaction en chaîne par polymérase (PCR) pour le SRAS-CoV-2. Le génotypage du virus a montré que le patient était infecté par la variante Delta du SRAS-CoV-2. Le patient a reçu trois doses du vaccin Pfizer/BioNTech SARS-CoV-2 avant l’apparition des symptômes. Le traitement initial par casirivimab/imdevimab suivi de l’administration de dexaméthasone et de remdesivir au patient a été réalisé pendant cinq et dix jours, respectivement. Il est alors sorti de l’hôpital sans oxygène mécanique ; cependant, il a signalé une réduction du volume expiratoire maximal (FEV1) par rapport au départ et une dyspnée à l’effort.

Six semaines après sa sortie, le patient est retourné à l’hôpital avec de la fièvre, une toux productive et un essoufflement. Le patient a de nouveau été testé positif pour le SRAS-CoV-2 par PCR, et le génotypage viral a montré la présence à la fois de la variante Delta, vraisemblablement issue de l’infection initiale, et de la variante Omicron, indiquant une infection secondaire. Il a été traité avec de la dexaméthasone et du remdesivir pour une infection active par le SRAS-CoV-2 et avec du tixagevimab et du cilgavimab pour une prophylaxie supplémentaire.

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Les chercheurs ont découvert que le patient avait des anticorps IgG et IgM indétectables contre la protéine de nucléocapside (N) du SRAS-CoV-2 des variantes Delta et Omicron. Ces résultats ont permis de différencier une réponse immunitaire associée à une infection ou à un vaccin. Le patient a été traité avec un anticorps monoclonal composé de casirivimab et d’imdevimab pour les deux infections, ce qui a entraîné une augmentation des niveaux d’anticorps IgG contre la pointe (S) du SRAS-CoV-2.

L'analyse des variantes a été effectuée aux points marqués d'un triangle rouge (test SARS-CoV-2 positif) et la ligne pointillée ci-dessus croise les charges virales hypothétiques d'une variante Delta (Δ) et Omicron (O) dans chaque échantillon. .  Les triangles noirs représentent les tests PCR SARS-CoV-2 négatifs.  V1-V3 représentent les doses de vaccin.  Rem : remdesivir.  Les lignes vertes indiquent les immunosuppresseurs et la hauteur de la forme reflète le niveau de dose.  Le traitement par anticorps monoclonaux et le temps d'administration sont indiqués par des triangles bleus.  C/I : casirivimab/imdevimab, C/T : tixagevimab et cilgavimab.  La sérologie COVID indique quand des tests d'anticorps spécifiques ont été effectués.  IgMSP : IgM anti-spike, IgGSP : IgG anti-spike, IgGNC : IgG anti-nucléocapside, ND : non détecté, AU : unités arbitraires.

L’analyse des variantes a été effectuée aux points marqués d’un triangle rouge (test SARS-CoV-2 positif) et la ligne pointillée ci-dessus croise les charges virales hypothétiques d’une variante Delta (Δ) et Omicron (O) dans chaque échantillon. . Les triangles noirs correspondent aux tests PCR SARS-CoV-2 négatifs. vune-V3 représente les doses de vaccin. Rem : remdesivir. Les lignes vertes indiquent les immunosuppresseurs et la hauteur de la forme reflète le niveau de dose. Le traitement par anticorps monoclonaux et le temps d’administration sont indiqués par des triangles bleus. C/I : casirivimab/imdevimab, C/T : tixagevimab et cilgavimab. La sérologie COVID indique quand des tests d’anticorps spécifiques ont été effectués. IgMPS: Anti-pic IgM, IgGPS: IgG anti-pointe, IgGCAROLINE DU NORD: IgG anti-nucléocapside, ND : non détecté, AU : unités arbitraires.

Autres co-infections par le SRAS-CoV-2

Les chercheurs ont également observé un autre cas de co-infection par le SRAS-CoV-2 chez une femme de 70 ans atteinte de diabète non contrôlé. Elle a été testée positive par PCR pour le SRAS-CoV-2 après avoir été vaccinée avec trois doses du vaccin à acide ribonucléique messager (ARNm).

L’équipe a également identifié trois cas distincts de co-infection BA.1/BA.2.

Le premier cas était celui d’une femme d’environ 60 ans ayant des antécédents d’hémopathie maligne après cinq cycles de chimiothérapie. Notamment, elle n’avait reçu aucun vaccin contre le COVID-19. Il a été testé positif au SRAS-CoV-2 avec une infection principalement BA.1. Un traitement initial avec l’anticorps monoclonal sotrovimab a été administré. Il est retourné à l’hôpital deux mois plus tard avec des symptômes persistants de COVID-19. Une co-infection a ensuite été détectée.

Le deuxième cas était celui d’un homme dans la cinquantaine qui avait des antécédents d’accident vasculaire cérébral. Il avait une co-infection BA.1/BA.2 et a été vacciné avec les trois doses d’ARNm.

Le troisième patient était une femme octogénaire ayant des antécédents de leucémie lymphoïde chronique. Elle a d’abord été traitée par une thérapie anti-cellules B avec de l’obinutuzumab et du vénétoclax et a reçu trois doses de vaccin à ARNm.

La réextraction d’ARN à partir d’échantillons de patients a montré plusieurs pics amplifiés pour l’ARN polymérase 1 (RDR1), RDR2 et RDR3-4. En outre, l’équipe a observé la coexistence d’amplicons caractéristiques des variantes BA.1 et BA.2, indiquant que la co-infection s’est produite dans les échantillons, plutôt qu’une recombinaison de variantes.

A) Électrophorétogramme des sites d'ORF1A, de la région Spike 1, de la région Spike 2 et de la région Spike 3-4 ou des amplicons de différentes queues indiquant une co-infection Omicron (rouge) et BA.2 (vert ) ils sont présents.  B) Schéma illustrant l'emplacement attendu du fragment pour les variants dans des conditions normales, mixtes ou recombinantes.  C) Les lectures de séquençage de nouvelle génération ont été visualisées dans le visualiseur de génome intégré, avec la direction des lectures en rouge ou en bleu.  Les suppressions sont indiquées par une barre oblique, les variantes de nucléotide unique montrent le nucléotide variant et les insertions sont mises en évidence par une boîte violette.

A) Électrophorétogramme des sites ORF1A, région Spike 1, région Spike 2 et région Spike 3-4 où des amplicons de différentes tailles sont présents indiquant une co-infection avec Omicron (rouge) et BA.2 (vert). B) Schéma illustrant l’emplacement attendu du fragment pour les variants dans des conditions normales, mixtes ou recombinantes. C) Les lectures de séquençage de nouvelle génération ont été visualisées dans le visualiseur de génome intégré, avec la direction des lectures en rouge ou en bleu. Les suppressions sont indiquées par une barre oblique, les variantes de nucléotide unique montrent le nucléotide variant et les insertions sont mises en évidence par une boîte violette.

Résultats de laboratoire des études de cas de co-infection

L’équipe a détecté les variants présents dans les échantillons SARS-CoV-2 positifs à la PCR en combinant le séquençage du génome entier (WGS) et une PCR de génotypage réalisée par analyse de fragments. Les points chauds de mutation présents dans le génome du SRAS-CoV-2 ont été amplifiés et les fragments résultants, appelés amplicons, ont été séparés par électrophorèse capillaire. Les différences de taille évaluées ont ensuite été utilisées pour déterminer toute délétion caractéristique. L’échantillon initial du patient co-infecté par les variants Omicron/Delta ne contenait que les séquences des variants Delta, tandis que les échantillons suivants présentaient les signatures mutationnelles de l’infection Delta initiale et de l’infection Omicron subséquente.

conclusion

Les résultats de l’étude ont montré les comorbidités et les symptômes qui sont responsables de l’affaiblissement du système immunitaire chez les patients IC, les rendant plus sensibles aux co-infections de la variante SARS-CoV-2.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/comportementale en matière de santé ou être traités comme des informations établies.

Référence magazine :

  • Delta/Omicron et Omicron/BA.2 Coinfections se produisant chez des hôtes immunodéprimés, Richard Leuking, Madhusudhanan Narasimhan, Lenin Mahimainathan, Alag mut, Yan Liu, Chao Xing, Christian Larsen, Andrew E Clark, Jeffrey A SoRelle, préimpression medRxiv 2022, DOI : https://doi.org/10.1101/2022.04.04.22273058, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.04.04.22273058v1

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